最盛期は九州六ヶ国を支配した戦国大名大友宗麟でしたが、平地にある大友館は守るに堅いものとは言えない状況でした。
確かに、大友氏は詰めの城として高崎山城という大きな山城を有しておりましたが、宗麟は政治拠点と防衛を兼ねた居城の必要性にかられ、豊後府内に近い、現在の臼杵の地丹生島（にゅうじま）に城を築きました。
丹生島とはまさに海に浮かぶ岩の小島で周囲は断崖という地形そのものが天然の要塞でした。
宗麟が政治拠点を丹生島に移すと、宗麟の保護を求めるためにキリスト教の教会も海岸沿いの一等地に移り、丹生島周辺はにわかに国際色を帯びてきました。
丹生島は現在周囲が埋め立てられ、陸続きになっており、さらに江戸時代に近世城郭の臼杵城に生まれ変わったことから、石垣作りで天守閣をもった城に変わりましたが、海に浮かぶ孤島であった面影は随所に残っています。
丹生島城が島津軍に攻められたとき、キリスト教の信者たちは船を漕いで島の裏、搦め手から城に入城して難を逃れました。
そのとき、彼らが海から城に入るために上がった城への通路が今も残っています。
彼らが避難した場所は、島の一番奥、近世の本丸にあたる場所で、宗麟時代はそこは城の中心ではなかったことが分かります。
（丹生島城天然の城壁跡）
（現在の臼杵城）
